2020 оны 4 сарын 6
Зураг
АУ-ны доктор, дэд профессор

SARS-CoV2 нь вирусийн эсрэг эмэнд устахгүй, шинэ мутацид идэвхтэй шилждэг байна

Зураг
Гэрэл зургийг Mpa.mn

Анагаах ухааны доктор, дэд профессор Н.Одонгуа, доктор Б. Сэвжидмаа нарын дэлхий дахинаа тархаад буй цар тахал болох шинэ төрлийн коронавирусийн талаар бэлтгэсэн мэдээллийг цувралаар хүргэж байна. 

Коронавирус гэж юу вэ?

Дэлхий дээр альфа (αCoV), бетта (βCoV), дельта (δCoV) ба гамма (γCoV) гэсэн коронавирусийн 4 төрлийн удмын мэдээлэл оршдог. Сарьсан багваахай ба мэрэгч амьтад альфа (αCoV), бетта (βCoV) коронавирусийг тээдэг. Уг вирус нь мембраны, бүрхүүлийн, гадаргуугийн гэсэн 3 төрлийн уургийн бүрхүүлтэй.

Хятад, АНУ, Австралийн 19 өвчтөний SARS-CoV2-н РНХ геномыг шинжлэн энэхүү вирус нь дарааллаараа (sequence) ялгаатай байгааг тогтоосон ба ялгаа нь дан нуклеотидын хэлбэлзэл байсан. SARS-CoV2 нь вирусийн эсрэг эмэнд устахгүй, шинэ мутацид идэвхтэй шилждэг байна.

Коронавирусийн генетик бүтэц

Төрөл бүрийн популяцид илэрсэн 103 төрлийн коронавирусийг ялган, тэдгээрийн нуклеотидийн дарааллыг өөр хооронд нь харьцуулан мөн вирусийн эмгэг нөлөө цаашилбал хоруу чанарын үзүүлэлтүүдийг уялдуулан шинэ төрлийн коронавирус нь генетикийн хувьд өөрчлөгдөн мутацид орсон хэлбэр гэж дүгнэн 2 бүлэг болгон хуваасан.

Геномын тодорхой байрлалд (SNPs-C251T, S84L) лизин амин хүчлээр кодлогдсон хэлбэрийг L хэлбэр, тус байрлалд серин амин хүчлээр кодлогдсоныг  S хэлбэр гэж ангилсан. Тухайн өөрчлөгдсөн мутацийн төрлөөс шалтгаалж вирусийн организмд нөлөөлөх хоруу чанарын хувьд L хэлбэр нь S хэлбэрээс илүү хүнд явцтай. Мутаци хоорондын харьцаа нь анх  Хятад улсын Хубэй мужийн Ухань хотод халдвар эхлэх үед  L хэлбэр 96.3%, S хэлбэр 3,7% байсан бол  2020 оны нэгдүгээр сарын 7-ны өдрийн байдлаар олон улсад L хэлбэр 62.2%, S хэлбэр 37.8% болж өөрчлөгджээ. 

Коронавирусээр халдварлагдсан 9 өвчтөний гуурсан хоолойн алвеолын шүүрлээс вирусийг ялган түүний эсийг ургуулан тухайн эсүүдийн нуклеотидийн дарааллыг Next Generation Sequencing (NGS) технологоор тодорхойлоход хоорондоо 99.98 % ийн ижил геномын дарааллыг илрүүлсэн. SARS-CoV2 вирус нь 29,844 нуклеотидын дараалалтай ба 7,096 амин хучлийн дарааллаас тогтох вирусийн уургийг нийлэгжүүлнэ. Энэхүү илрүүлсэн геномын дараалал нь 2018 онд Хятадын хойд хэсгээр тархаж байсан амьсгалын замын хүнд хэлбэрийн хам шинж болох SARS төст коронавирус (bat-SL-CoVZC45 ба bat-SL-CoVZXC21)-тэй ойролцоогоор 88%-ийн ижил нуклеотидийн дараалалтай байна.

Мөн SARS-CoV (NC_004718.3)– тай 79 %, MERS-CoV (NC_019843.3)-тай 50% ижил нуклеотидийн дараалалтай нь тодорхойлогджээ. Одоогийн байдлаар шинэ төрлийн SARS-CoV2 коронавирустай 90% адил геномийн дараалалтай амьтанаар панголин тодроод байна. 

Тиймээс SARS-CoV2 вирусийн холбогч уургийн бүтэц нь SARS-CoV болон түүнтэй төстэй бусад вирус тухайлбал панголины коронавирусийн домайн бүтэцтэй төстэй тул тэдгээрийн өвөрмөцөөр холбогддог ангиотэнзин конвертинг энзим 2 рецептортой (ACE2) мөн адил холбогддог болохыг тэмдэглэсэн.

Шинэ төрлийн коронавирусийн гарал үүслийг одоогоор бүрэн тайлбарлаж чадаагүй. Короновирусийг байгаль дээр тээдэг амьтан сарьсан багваахай бөгөөд сарьсан багваахай агаарт нисэхэд түүний биеийн температур 37- 41 градус болдог ба тухайн үед түүний биеэс хэдэн зуун короновирус ялгаран гардаг. Гэвч түүний агаарт ялгаруулсан вирусууд нь хүнд халдаж өвчин үүсгэдэггүй.

Өнөөг хүртэл дэлхий дээр тархсан коронавирусийн халдварууд нь тухайлбал SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) 2003 онд муурны төрлийн амьтнаас, MERS (Middle Eastern Respiratory Syndrome)  2013 онд тэмээнээс хүнд халдварлаж байсан. Өөрөөр хэлбэл сарьсан багваахайн коронавирус завсрын дамжуулагч амьтанаар дамжин тухайн вирусийн ген мутацид орж хүнд халдварлаж ирсэн.



Ном зүй

1. Wu P, Hao X, Lau EHY, Wong JY, Leung KSM, Wu JT, Cowling BJ, Leung GM. Real-time tentative assessment of the epidemiological characteristics of novel coronavirus infections in Wuhan, China, as at 22 January 2020. Euro Surveill. 2020 Jan;25(3). 
2. (https://www.who.int/china/news/detail/09-01-2020-who-statement-regarding-cluster-of-pneumonia-cases-in- wuhan-china) 
3. (https://www.who.int/dg/speeches/detail/who- director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---11-march-2020) 
4. Бичих
5. Chan JF, Kok KH, Zhu Z, Chu H, To KK, Yuan S, Yuen KY. Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan. Emerg Microbes Infect. 2020 Dec;9(1):221-236. 
6. Tang et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. 2020. National Science Review  
7. Lu et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. 2020 Lancet 2020; 395: 565–74
8. Marchler-Bauer A, Bo Y, Han L, et al. CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures. Nucleic Acids Res 2017; 45: D200–03
9. Zhou, P. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7 (2020)
10. Wu, F. et al. 2020. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3 (2020)
11. Kristin G. Andersem et al. 2020. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine
12. Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, Zhang L, Fan G, Xu J, Gu X, Cheng Z, Yu T, Xia J, Wei Y, Wu W, Xie X, Yin W, Li H, Liu M, Xiao Y, Gao H, Guo L, Xie J, Wang G, Jiang R, Gao Z, Jin Q, Wang J, Cao B. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020 Jan 24. 
13. Chen Q, Liang M, Li Y, Guo J, Fei D, Wang L, He L, Sheng C, Cai Y, Li X, Wang J, Zhang Z. Mental health care for medical staff in China during the COVID-19 outbreak. Lancet Psychiatry. 2020 Feb 18. 
14. Song F, Shi N, Shan F, Zhang Z, Shen J, Lu H, Ling Y, Jiang Y, Shi Y. Emerging Coronavirus 2019-nCoVPneumonia. Radiology. 2020 Feb 6:200274. 
15. Chang, Lin M, Wei L, Xie L, Zhu G, Dela Cruz CS, Sharma L. Epidemiologic and Clinical Characteristics ofNovel Coronavirus Infections Involving 13 Patients Outside Wuhan, China. JAMA. 2020 Feb 7. 
16. Guan WJ, Ni ZY, Hu Y, Liang WH, Ou CQ, He JX, Liu L, Shan H, Lei CL, Hui DSC, Du B, Li LJ, Zeng G, Yuen KY, Chen RC, Tang CL, Wang T, Chen PY, Xiang J, Li SY, Wang JL, Liang ZJ, Peng YX, Wei L, Liu Y, Hu YH, Peng P, Wang JM, Liu JY, Chen Z, Li G, Zheng ZJ, Qiu SQ, Luo J, Ye CJ, Zhu SY, Zhong NS; China Medical Treatment Expert Group for Covid-19. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China. N Engl J Med. 2020 Feb 28. 
17. Wang D, Hu B, Hu C, Zhu F, Liu X, Zhang J, Wang B, Xiang H, Cheng Z, Xiong Y, Zhao Y, Li Y, Wang X, Peng Z. Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus-Infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 2020 Feb 7. 
18. Sun P, Qie S, Liu Z, Ren J, Li K, Xi J. Clinical characteristics of 50466 hospitalized patients with 2019-nCoV infection. J Med Virol. 2020 Feb 28. 
19. Ki M, -nCoV TFF. Epidemiologic characteristics of early cases with 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) disease in Republic of Korea. Epidemiol Health. 2020 Feb 9.
20. Hoehl S, Berger A, Kortenbusch M, Cinatl J, Bojkova D, Rabenau H, Behrens P, Böddinghaus B, Götsch U, Naujoks F, Neumann P, Schork J, Tiarks-Jungk P, Walczok A, Eickmann M, Vehreschild MJGT, Kann G, Wolf T, Gottschalk R, Ciesek S. Evidence of SARS-CoV- 2 Infection in Returning Travelers from Wuhan, China. N Engl J Med. 2020 Feb 18. 
21. Bernard Stoecklin S, Rolland P, Silue Y, Mailles A, Campese C, Simondon A, Mechain M, Meurice L, Nguyen M, Bassi C, Yamani E, Behillil S, Ismael S, Nguyen D, Malvy D, Lescure FX, Georges S, Lazarus C, Tabaï A, Stempfelet M, Enouf V, Coignard B, Levy-Bruhl D, Investigation Team. First cases of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in France: surveillance, investigations and control measures, January 2020. Euro Surveill. 2020 Feb;25(6). 
22. Silverstein WK, Stroud L, Cleghorn GE, Leis JA. First imported case of 2019 novel coronavirus in Canada, presenting as mild pneumonia. Lancet. 2020 Feb 13. pii: S0140-6736(20)30370-6. 
23. Huang WH, Teng LC, Yeh TK, Chen YJ, Lo WJ, Wu MJ, Chin CS, Tsan YT, Lin TC, Chai JW, Lin CF, Tseng CH, Liu CW, Wu CM, Chen PY, Shi ZY, Liu PY. 2019 novel coronavirus disease (COVID-19) in Taiwan: Reports of two cases from Wuhan, China. J Microbiol Immunol Infect. 2020 Feb 19. 
24. Lillie PJ, Samson A, Li A, Adams K, Capstick R, Barlow GD, Easom N, Hamilton E, Moss PJ, Evans A, Ivan M, Phe Incident Team, Taha Y, Duncan CJA, Schmid ML; Airborne HCID Network. Novel coronavirus disease (Covid-19): the first two patients in the UK with person to person transmission. J Infect. 2020 Feb 28. 
25. Young BE, Ong SWX, Kalimuddin S, Low JG, Tan SY, Loh J, Ng OT, Marimuthu K, Ang LW, Mak TM, Lau SK, Anderson DE, Chan KS, Tan TY, Ng TY, Cui L, Said Z, Kurupatham L, Chen MI, Chan M, Vasoo S, Wang LF, Tan BH, Lin RTP, Lee VJM, Leo YS, Lye DC; Singapore 2019 Novel Coronavirus Outbreak Research Team. Epidemiologic Features and Clinical Course of Patients Infected With SARS-CoV- 2 in Singapore. JAMA.2020 Mar 3. 
26. (https://www.nature.com/articles/d41586-020-00364-2) 
27. (https://www.nature.com/articles/d41586-020-00180-8) 
28. Chan JF, Yuan S, Kok KH, To KK, Chu H, Yang J, Xing F, Liu J, Yip CC, Poon RW, Tsoi HW, Lo SK, Chan KH, Poon VK, Chan WM, Ip JD, Cai JP, Cheng VC, Chen H, Hui CK, Yuen KY. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel
coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet. 2020 Jan 24. 
29. Zhang W, Du RH, Li B, Zheng XS, Yang XL, Hu B, Wang YY, Xiao GF, Yan B, Shi ZL, Zhou P. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. Emerg Microbes Infect. 2020 Dec;9(1):386-389. 
30. (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.25.919787v1.full)
31. (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.06.20020974v1.full.pdf)
32. (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.01.27.20018986v2)
33. Li Q, Guan X, Wu P, Wang X, Zhou L, Tong Y, Ren R, Leung KSM, Lau EHY, Wong JY, Xing X, Xiang N, Wu Y, Li C, Chen Q, Li D, Liu T, Zhao J, Li M, Tu W, Chen C, Jin L, Yang R, Wang Q, Zhou S, Wang R, Liu H, Luo Y, Liu Y, Shao G, Li H, Tao Z, Yang Y, Deng Z, Liu B, Ma Z, Zhang Y, Shi G, Lam TTY, Wu JTK, Gao GF, Cowling BJ, Yang B, Leung GM, Feng Z. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus-Infected Pneumonia. N Engl J Med. 2020 Jan 29.
34. Johns Hopkins University dashboard (https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6) 
x